การเข้ารหัส (Encode) ข้อมูล หมายถึงการเพิ่มข้อมูลบางอย่างที่ไม่ต้องการให้แสดงบนบัตร แต่ให้เก็บข้อมูลไว้ในบัตร เพื่อที่จะเรียกขึ้นมาใช้งานด้วยเครื่องอ่านเฉพาะ เป็นการป้องกันข้อมูลที่สำคัญ ยากต่อการเข้าถึงข้อมูลภายใน และขึ้นอยู่กับผู้ใช้งานว่าจะกำหนดไว้ในลักษณะใด วิธีการทำงาน คือ เครื่องพิมพ์บัตร จะต้องมีฟังก์ชั่นสำหรับรองรับการพิมพ์แบบ เข้ารหัส ส่วนวัสดุหรือบัตรที่นำมาพิมพ์ก็ต้องรองรับการทำงานในลักษณะนี้ด้วย โดยการใช้ บัตรแถบแม่เหล็ก (Magnetic Stripe) หรือ บัตรสมาร์ทการ์ด (Chip)